和前作一樣，主角是玩者的化身。

1992年3月，きらめき市的鄰鎮ひびきの市。
在ひびきの小學就讀的兩位青梅竹馬朋友：主角以及陽ノ下光(R)。
還有令主角傾慕的，同樣都是鄰居的大姐姐：華生華澄(R)。

突然的分別，主角一家要搬離ひびきの市。
事前更沒有任何跡象，與平日一樣…
能夠留下的，就只剩下一隻主角送的戒指、以及在分別前一天，在遊樂場所拍下的合照。

1999年4月。
主角回歸ひびきの市，成為了ひびきの高校(R)的新入學的學生。
在開學之日，他在編班的通告見到一個熟悉的名字；同時，他被一名女孩子撞倒。
而這位女子正是那個名字－－陽ノ下光(R)！

在開學的第一個星期，主角還認識了陽ノ下光的好朋友：水無月琴子(R)，以及不知是友是敵的坂城匠(R)及穗刈純一郎(R)。
他們的出現，令主角的高校生活變得更加複雜。

還有在今作之中，ひびきの高校(R)有一個傳說，可以和前作相提並論：
 

而整個遊戲之中，除了之前提及過的三名女角之外，還有七位與主角同校的女角：
嘻嘻哈哈的不幸娘、打工少女、占卜娘、喧嘩生徒會長、冷面的短髮女孩、害羞的經理人以及任性學妹。
還有三位隱藏角色：兼職女王、馬戲團少女以及……高度機密^^;;;;;;;;;;;;;;（她是以上某人的雙生兒之妹、他校生）

和前作一樣：

主角的選擇由你決定！

對玩家而言，最大不滿還是那些只會拖累遊戲速度的3D介面而已。